La fin du XIIème siècle au Japon est troublée par des guerres civiles, des incendies, des famines et des épidémies. Le gouvernement de Heian et l'aristocratie de la cour étant incapables de régler les conflits, l'Empereur fit appel aux clans guerriers. Ces clans avaient établi dans leurs fiefs une organisation féodale, rendue obligatoire par l'acquisition de domaines de plus en plus vastes octroyés par l'Empereur à titre de récompense, et par la demande de protection de la part des paysans à la merci des bandes de pillards. Ces clans finirent par échapper au contrôle du gouvernement central.

Appelés par les nobles pour faire régner l'ordre dans la capitale (Kyoto), les deux principaux clans militaires, les Minamoto (Genji) et les Taira (Heike) se disputèrent le pouvoir. Au terme d'une dizaine d'années de troubles sanglants (au cours desquels Kyoto et Nara furent ravagées par les incendies) les Taira furent écrasés par Minamoto no Yoritomo. En 1185, Yoritomo déplaça le siège du gouvernement de Kyoto à Kamakura, dans l'Est du Japon inaugurant ainsi la période Kamakura et instaura un gouvernement militaire, le bakufu ("gouvernement de la tente"). En 1192, l'empereur Go-Toba (1179-1239) lui décerna le titre de shogun.

Cette époque marque la fin du pouvoir aristocratique qui régnait depuis le IX siècle. On vit apparaître, sur la scène politique, des groupes de guerriers provinciaux, dont les chefs n'étaient pas des aristocrates vivant à la cour. Cependant, la noblesse ne fut pas totalement écartée et la paix relative qui régna à l'époque Kamakura est le résultat du compromis entre la noblesse de cour et les clans guerriers. A la cour de Kyoto, résidaient la noblesse, hostile au shogunat et les religieux des grands temples bouddhiques. A Kamakura se trouvaient les guerriers de l'est et du nord du Japon. On assista donc à une forme de gouvernement bicéphale, chacun profitant des faiblesses de l'autre. Le gouvernement du bakufu recevait sa légitimité de la cour, et en retour l'Empereur avait recours aux guerriers pour faire régner l'ordre.

Le renouveau religieux de Kamakura ne s'est pas limité à l'apparition de nouvelles écoles. Les moines des écoles traditionnelles déploraient leur décadence et essayèrent de régénérer les principes bouddhiques :

- Eizon (l201-1290) et son disciple Ninsho (1271-1303) tentèrent une restauration de l'école Ritsu. Ils gagnèrent de nombreux partisans à la cour et parmi les fonctionnaires du shogunat.
- Jokei (1155-1213) s'occupa de l'école Hosso. Il renouvela la discipline monastique, combattit la pratique du nembutsu (voir amidisme), et s'engagea dans une controverse célèbre avec Honen.
- Myoe (1173-1232), fondateur du temple Kozan-ji, restaura l'école Kegon*. Il rencontra Eisai avec lequel il étudia le Zen. Il écrivit plus de 70 traités dont le Saijarin qui est une critique de la doctrine la Terre pure de Honen.

Les nouvelles écoles de Kamakura eurent aussi à se défendre contre les attaques des écoles anciennes qui les jalousaient à cause du succès qu'elles obtenaient auprès des foules, et contre des mouvements de restauration du shinto qui commençaient à affirmer que les bouddhas étaient des manifestations des kamis et non l'inverse. Jusque-là, le bouddhisme et le shinto avaient coexisté paisiblement. La plupart des empereurs s'étaient montrés également favorables aux deux religions.

La pluralité des tendances reflète une forme religieuse particulière au Japon où la tendance au syncrétisme est toujours présente. "Tous les hommes finissent par arriver au sommet du Mont Fuji" disait Mujû, un moine Zen du XIII siècle, qui pratiquait le zazen, récitait l'invocation au bouddha Amida, et pouvait faire un pélerinage à un sanctuaire dédié à une divinité shinto.

Principaux évènements

Mort de l'empereur retiré Go-Shirakawa

Minamoto no Yoritomo obtient le titre de Sei i tai Shogun

1193