École soutenant que l'on ne peut atteindre l'Éveil par la poursuite d'études doctrinales, mais seulement par la perception directe de son propre esprit obtenue par la pratique de la méditation. On considère Bodhidharma comme son fondateur. Le Gasho Ron* qui lui est attribué mais fut probablement écrit par des disciples postérieurs, décrit le Zen en ces termes :
"Transmission particulière en dehors des sutras,
Indépendante des mots et des textes sacrés,
Montrant directement du doigt l'esprit de l'homme,
Voyant sa vraie nature et atteignant la bodhéité."

Selon cette école, l'Éveil suprême se transmet d'un esprit à l'autre sans recours à la parole, et le Bouddha Shakyamuni aurait ainsi communiqué son véritable Éveil à son disciple Mahakashyapa. Cet héritage passa alors à Ananda, le second patriarche, à Shanavasa, le troisième, et ainsi de suite jusqu'à Bodhidharma, le vingt-huitième, qui introduisit la "tradition silencieuse" en Chine où elle prit le nom de bouddhisme Chan. Ensuite, cette doctrine fut transmise au second patriarche chinois, Huiko, au troisième, Sengcan, au quatrième, Daoxin, au cinquième, Hongren, et au sixième, Huineng (638-713). A l'époque de Huineng, l'école se divisa en école Zen du Sud, dirigée par Huineng lui-même, et en école Zen du Nord, dirigée par Shenxiu. L'école du Nord déclina rapidement, mais celle du Sud produisit d'excellents disciples et devint le courant principal du Chan. Les principaux disciple de Huineng furent Xingsi, Huairang et Shenhui. Dans la lignée de Xingsi, Liang-jie fonda l'école Cao-dong (Soto) dont Cao-shan devint le second patriarche. Dans la même lignée, apparurent Wen-yen et Wen-yi qui fondèrent respectivement les écoles Yun-men (Ummon) et Fa-yen (Hogen). Dans la lignée de Huairang, Ling-you créa l'école Gui-yang (Igyo) qui fut consolidée par son disciple Hui-ji, et Yi-xuan fonda l'école Lin-ji (Rinzai). Parmi ces cinq écoles, l'école Lin-ji prospéra particulièrement et finit par se diviser en deux branches - l'école Yang-qi, établie par Fang-hui, et l'école Huang-long (Oryu), fondée par Hui-nan.

Toutes ces écoles constituent ce que l'on dénomme "les cinq et sept écoles" du Chan du Sud.
Au Japon, Dainichi Nonin propagea la doctrine Zen, appelant son école la Nihon Daruma (école de Bodhidharma au Japon), de la fin de la période Heian (794-1185) au début de la période Kamakura (1185-1333). Toutefois, le Zen se constitua en première école officielle au début de la période Kamakura quand Eisai se rendit dans la Chine des Song et en rapporta la doctrine de l'école Lin-ji. Par la suite, Dogen se rendit également en Chine et en rapporta la doctrine de l'école Cao-dong. Pendant les périodes Kamakura et Muromachi (1336-1573), le Zen fut lié au bushi-do ou la voie des samouraïs et fut très prospère. En 1654, Ingen (Jin Yin-yuan) arriva de la Chine des Ming et fonda par la suite au Japon l'école Obaku.