L'ambiguïté du terme est due, en premier lieu, au fait qu'il n'a pas la même signification en Theravada et en Mahayana. Sommet de la pratique pour les premiers, la jnana n'est qu'une étape pour les seconds. Cependant cette contradiction n'est qu'apparente.

Le Theravada accorde une grande importance à l'auto-discipline et aux 52 degrés de progression du bodhisattva où la jnana est une étape à part entière et où elle est considérée comme une paramita. Ici, le concept est assez proche de vidya, la cognition, et se ressent de la valeur que jnana a dans les Vedas. Ainsi, pour certaines écoles, vidya est synonyme de "savoir ésotérique", "tradition sacrée", "formule magique". Mais d'autres écoles theravada mettent l'accent sur l'Octuple noble chemin, assimilant la jnana à la "pensée juste".

Le Mahayana, et tout particulièrement l'école du Rien-que-Conscience, a mis en lumière des subdivisions de la jnana, les 9 vi-jnana (vi = différent) ou les Neuf consciences. Il s'agit d'une analyse des différentes possibilités d'appréhender l'être vivant (corps/esprit/environnement) et, en même temps, des facultés de l'être humain à appréhender soi et le monde. La neuvième conscience amala vijnana est alors l'état de bouddha et la parfaite prajna.

Dans le Mahayana d'avant le Sutra du Lotus, la prajna est une des 6 grandes paramitas. Ce qui signifie qu'elle est considérée comme relevant non pas de l'esprit cognitif mais de la psyché. Même si l'étymologie faisant remonter "prajna" à "prana" (souffle, âme) est contestable, les deux termes, ont une connotation assez proche du point de vue de la pratique bouddhique. Tout comme les autres paramitas, le don, la patience, etc., la prajna se cultive par des exercices spirituels et non pas par l'étude et la réflexion.

Pour donner un exemple concret, je peux avoir compris la loi de causalité et voir dans tout phénomène l'effet de certaines cause. C'est jnana. Ce n'est pas pour autant que je vais réagir avec sagesse (prajna) à une agression. Mais d'un autre côté, si je ne cultive pas la prajna, je n'arriverai jamais à avoir une véritable compréhension de la causalité, qui restera une simple théorie.

Dans le bouddhisme nichirenien prajna et jnana sont deux aspects d'une même réalité.