Après Nisshin, les différentes lignées de Kyoto se lancèrent dans des conflits les unes avec les autres. Chacune se proclamait l'unique détentrice des véritables enseignements de Nichiren. Un grand nombre de ces factions s'en tenaient rigoureusement au principe de fuju fuse et de vigoureux shakubuku. Ainsi en 1451, le temple Myoman-ji édicta une série de règlements encore plus stricts que ceux que Nichi-jo avait établi pour le temple Myokaku-ji en 1413. Pourtant les différents temples se rendaient compte qu'il fallait mettre de côté leurs querelles pour présenter un front uni face à la menace des moines-guerriers du Mont Hiei. Cela aboutit en 1466 à l'accord de Kansho qui comportait six points acceptés par tous les temples de Kyoto, à l'exception du temple Honjo-ji de la lignée de Nisshin.
1) L'égalité entre les enseignements essentiels et les enseignements théoriques du Sutra du Lotus, bien que la supériorité des uns par rapport aux autres dépendait des capacités des hommes et de leur niveau de compréhension. Ce point réconciliait les doctrines shorestsu (supériorité des derniers 14 chapitres) et itchi (harmonie entre les deux parties).
2) Tous les bouddhistes de Nichiren devaient pratiquer shakubuku.
3) Les bouddhistes de Nichiren ne devaient pas accomplir de pèlerinages dans des temples qui dénigraient le Dharma bouddhique.
4) Les bouddhistes de Nichiren ne devaient pas recevoir de dons de la part de ceux qui dénigrent le Dharma, sauf si ces dons étaient effectués pour des raisons séculières.
5) Les méthodes shakubuku (casser et soumettre le détracteur) et shoju (englober ce qui est juste) sont toutes les deux correctes pour propager le Dharma. Shakubuku convient à cette époque. C'est une réitération du point 2.
6) Les adeptes laïcs ne doivent pas abandonner leurs maîtres d'origine, mais ils peuvent faire des dons à plus d'un temple si ce dernier l'accepte.

L'accord de Kansho n'a pas duré longtemps. La guerre Onin de 1467 - 1477 fut particulièrement violente et en 1469 les moines-guerriers du Mont Hieibrûlèrent une large partie des quartiers aristocratiques du Nord de Kyoto. Les temples de Nichiren se trouvaient majoritairement dans la partie Sud et ils devinrent des lieux de rencontre pour les marchands qui y vivaient. Les machishu (citadins, marchands et artisans) formèrent leurs propres milices pour se protéger des moines-guerriers, des paysans rebelles et des seigneurs de guerre des provinces. Comme ces citadins étaient souvent des bouddhistes nichireniens, les temples devinrent parfois de vraies forteresses. Et à partir de ce moment les temples reprirent leur lutte pour le pouvoir.

Nisshîn (1444-1528) était un moine qui a fait ses études au temple Myohon-ji (précédemment Myoken-ji). C'était un partisan du shoretsu et accordait une importance particulière au chapitre XVI. Il quitta le Myohon-ji pour fonder le temple Honryu-ji à Kyoto en 1489. C'est actuellement le temple principal de l'école Hokke Shu Shin-Monryu (fondée en 1488). Avec la création de cette nouvelle école, les Accords de Kansho se révélèrent comme totalement inefficaces pour endiguer la prolifération de nouvelles branches.

Malgré les luttes pour le pouvoir et les conflits doctrinaux, l'importance des milices des temples de Kyoto croissait alors que le pouvoir shogunal Ashikaga déclinait et se termina en anarchie dans tout le Japon. Lorsque les rébellions paysannes soutenues par le courant "Terre Pure" menacèrent Kyoto en été 1535 ces milices se présentèrent en force pour défendre la cité et ce sont elles qui dirigèrent la ville durant les quatre années suivantes. Ce bref passage au pouvoir des citadins du bouddhisme Nichiren porte le nom de "Ligue du Lotus" (Hokke Ikki) par opposition à la rébellion paysanne Jodo qui est connue comme "Ligue de l'Idée Unique" (Ikko Ikki) [branche Ikko du Jodo Shin-shu].

La Ligue du Lotus finit de façon désastreuse en 1536 lorsqu'un adepte laïc nichirenien provoqua puis écrasa un moine tendai dans un débat public. Fous de colère, les moines-guerriers du Mont Hiei descendirent en force dans Kyoto et brûlèrent 21 temples principaux de l'école Nichiren, toute la moitié Sud de la ville ainsi qu'une partie de la moitié Nord. Ce fut la "Persécution Tenmon".

Après cette persécution, beaucoup de religieux nichireniens et d'adeptes laïcs cherchèrent refuge à Sakai près d'Osaka. Ils obtinrent l'autorisation de revenir à Kyoto seulement en 1542. En 1545, quinze temples principaux ont été restaurés et, une fois de plus, les différents temples ont été obligés de laisser de côté leur sectarianisme pour affronter le Mont Hiei et d'autres ennemis. En 1564, quinze temples signèrent l'Accord d'Eiroku par lequel ils essaient de réconcilier les partisans du shoretsu et d'ichi. En 1575, ces compromis furent développés et aboutirent à l'Accord de Tensho. En dépit de leur nouvelle unité et l'anéantissement de Hiei par l'autocratique Oda Nobunaga en 1571, les temples nichireniens de Kyoto n'ont plus jamais retrouvé le pouvoir et le prestige de la période de la Ligue du Lotus.

La destruction du Mont Hiei par Oda Nobunaga n'était nullement une faveur accordée à l'école Nichiren de Kyoto. En fait, Nobunaga cherchait à mettre toutes les écoles bouddhistes sous son contrôle. En 1579, il décida de donner aux bouddhistes de Nichiren une leçon qu'ils ne seraient pas prêts d'oublier. Il demanda la convocation d'un débat au château d'Azuchi entre les représentants du bouddhisme Nichiren et du bouddhisme de la Terre Pure. Malgré la supériorité des arguments des bouddhistes nichireniens, il déclara vainqueurs les moines amidistes et condamna à mort les trois représentants nichireniens. Après quoi il demanda que l'école Nichiren paie des réparations à l'école Jodo, qu'elle signe un reconnaissance de défaite et cesse tout prosélytisme à Kyoto. Cet évènement est connu comme "Persécution d'Azuchi". Il en résulta que la majeure partie des branches nichireniennes préféra la méthode shoju à celle de shakubuku.