Les Hojo prirent de l'importance sous le shogun Minamoto no Yoritomo, qui épousa une femme membre de leur famille. Le beau-père de Yorimoto, Hojo Tokimasa (1138-1215), devint le régent du jeune héritier du shogun en 1199. En 1219, lorsque la lignée principale des Minamoto s'éteignit après un assassinat, les Hojo étaient déjà au pouvoir, et ils établirent rapidement les structures légales et institutionnelles du pouvoir shogunal. Néanmoins, comme il était coutume au Japon, il laissèrent en place un shogunat fantoche, qui lui-même continua à diriger un empereur dénué de pouvoir. Le clan Hojo gouverna le pays de façon efficace jusqu'à la fin du XIIIe siècle, prenant en particulier la tête de la résistance contre les invasions mongoles de 1274 et 1281, mais il tendit plus tard à sombrer dans l'incapacité et la débauche. Le dernier régent Hojo, Hojo Takatoki (1303-1333), se suicida lors de la restauration menée par l'empereur Go-Daigo tenno, qui établit le shogunat Ashikaga.