Dès son introduction au Japon le bouddhisme fait l'objet du syncrétisme shinto-bouddhique qui incorpore dans les kamis shinto dans en tant que boshisattvas ou divinités protectrices du bouddhisme. Ce syncrétisme qui est encore très présent au Japon et entièrement accepté par Nichiren, car il n'enlève rien à la supériorité du Sutra du Lotus. Mais tel n'estpas le cas du syncrétisme Tendai-Shingon.

Saicho et Kukai rapportent de leur séjour en Chine des documents qui serviront de base à plusieurs courants de pensée.

En 805, Saicho fonde l’école Tendai sur le modèle du Tiantai chinois. Il fait construire le monastère d’Enryaku-ji sur le Mont Hiei proche de Kyoto. Ce haut lieu de l’étude du bouddhisme est placé sous la protection de l’empereur et obtient, peu après la mort de Saicho l’autorisation de créer sa propre plate-forme d’ordination (kaidan).

A la même époque, Kukai dont l’origine aristocratique lui vaut la bienveillance de la cour est autorisé à bâtir un monastère au Mont Koya qui devient le centre japonais de l’école du Shingon. Sa renommée ne cesse de s’accroître et il est nommé précepteur de deux princes héritiers. En 823, il reçoit le temple To-ji à Kyoto, dont il fait un centre pour l'étude du bouddhisme ésotérique.

Bien que les enseignements du Shingon soient trop difficiles à comprendre sans formation approfondie, le peuple est séduit par des cérémonies spectaculaires et la promesse de puissances magiques impressionnantes. Sensible à l’influence de cette nouvelle école, le Tendai adopte un bon nombre de ses concepts doctrinaux et de pratiques spectaculaires au point que les deux écoles finissent par se ressembler. Les supérieurs du Tendai Ennin et Enchin se démarquent à peine des enseignements du Shingon et participent ainsi à l’expansion de l’ésotérisme qui devient dominant dans tout le Japon.

Le Tendai restait néanmoins la seule école où le Sutra du Lotus était encore honoré.