Nichio (1565-1630) fut la figure marquante du dernier développement du bouddhisme de Nichiren à l'époque féodale. En 1595, le dictatorial Hideyoshi décréta que cent représentants de chaque grande école bouddhiste devaient célébrer tous les mois un service en mémoire de ses ancêtres devant la statue du Grand bouddha doré [à Osaka] qu'il venait d'ériger. Les chefs des temples de Kyoto estimèrent que s'ils refusaient, cela conduirait à la destruction de leurs temples et de leurs communautés. Bien que d'accord avec le principe de fuju fuse de ne pas rendre service à ceux qui dénigraient le Dharma, ils argumentaient en faisant valoir la règle d'exception concernant les autorités séculières. Seul Nichio, le supérieur du temple Myokaku-ji refusa tout compromis et quitta le temple en signe de protestation. En 1599, Tokugawa Ieyasu qui était alors l'un des cinq régents désigné pour gouverner le pays après la mort de Hideyoshi, invita Nichio à venir au château d'Osaka débattre de ce problème avec les supérieurs des temples de Kyoto. Les résultats ont été décidés d'avance par Tokugawa Ieyasu et Nichio fut envoyé en exil dans l'île de Tsushima l'année suivante.

En 1608 un nouveau coup fut porté au bouddhisme de Nichiren par Tokugawa Ieyasu devenu shogun. Cette année-là, Nikkyo, le supérieur du temple Myoman-ji fut convié dans le château de Tokugawa dans sa nouvelle capitale d'Edo [future Tokyo] pour un débat avec Shakudo de l'école Jodo. La nuit précédant le débat, des intrus s'introduisirent chez Nikkyo et le battirent au point qu'il fut incapable de débattre, bien que Tokugawa Ieyasu le fit amener de force sur une civière. Tokugawa proclama Shakudo vainqueur et fit couper le nez et les oreilles de Nikkyo et de cinq de ses adeptes.

Tokugawa Ieyasu exigea également que les bouddhistes Nichiren cessent toute activité de propagation. Nichion, prêtre du temple Kuon-ji au Mt Minobu refusa d'obtempérer. Il fut arrêté et condamné à la crucifixion. Heureusement, une des concubines du shogun, Dame Oman, menaça de se suicider devant ses enfants si Nichion était exécuté. Le shogun céda et Nichion fut relâché mais il ne revint pas au Kuon-ji par crainte de ne plus pouvoir propager le bouddhisme de Nichiren s'il retrouvait sa charge d'administrateur. Cet événement porte le nom de Persécution de Keicho, d'après l'ère où il a eu lieu.

Finalement, Nichio fut pardonné en 1616 et autorisé à revenir au temple Myokaku-ji. Entretemps le nombre des partisans du fuzu-fuse s'était accru. En 1623, le courant fuzu-fuse fut même officiellement autorisé par le shogunat. Cette permission était toutefois soumise au bon vouloir des Tokugawa. Le débat sur l'opportunité de participer à un service commémoratif commandité par le gouvernement resurgit en 1626, lorsque mourut l'épouse du shogun Hidetada. Deux camps s'opposèrent, avec Minobu à la tête de ceux qui prônaient la participation et Ikegami à la tête de ceux qui la refusaient. Nichio était, bien évidement, dans le camp Ikegami lors de tous les débats qui suivirent. En 1630, le shogunat Tokugawa commandita un débat entre les deux camps et, bien sûr, déclara vainqueur le camp Minobu, plus accommodant. Nichio fut condamné à un autre exil mais mourut avant l'exécution de la sentence. Après ce débat de 1630, fuju fuse a été interdit sous le shogunat Tokugawa.

En 1665, le shogunat Tokugawa décréta que les temples devaient restituer les terres que le gouvernement leur avait allouées pour leur culte. Cela signifiait que tous les temples devaient admettre avoir reçu des dons du gouvernement à des fins religieuses. Les défenseurs du fuju fuse durent reconnaître que c'était là une entorse à leur principe. Ainsi la nouvelle règle mit fin au mouvement fuju fuse. Ne pouvant plus être reconnus par le gouvernement, leurs temples étaient dans l'impossibilité d'assurer leur fonction. Refusant de devenir partenaires du gouvernement, les adeptes du fuju fuse devenaient hors la loi. Ce mouvement demeura dans l'illégalité jusqu'en 1876. De nos jours, il porte le nom de Nichiren Shu Fuju Fuse-Ha(date de fondation 1595).